Počátky československého vojenského zpravodajství sahají již do první světové války, kdy v rámci československých legií vznikaly první zpravodajské skupiny. Základy profesionálního vojenského zpravodajství byly položeny bezprostředně po 28. říjnu 1918. První armádní informační složkou se totiž již na počátku listopadu stalo zpravodajské oddělení československého Vrchního velitelství v Praze, jehož přednostou byl jmenován divizní generál Čeněk Haužvic, který nastoupil do této funkce 12. listopadu 1918. Právě toto datum je tak oficiálně považováno za den, kdy v Československu vzniklo vojenské zpravodajství.
V prosinci téhož roku na činnost tohoto oddělení navázalo nově vytvořené zpravodajské oddělení vojenského odboru Ministerstva národní obrany. To o rok později splynulo se zpravodajským oddělením Francouzské vojenské mise v ČSR a vzniklo tak 2. (zpravodajské) oddělení Generálního (později Hlavního) štábu, které pod stejným názvem existovalo až do začátku druhé světové války.
Zpravodajské oddělení se dělilo na čtyři skupiny: A – studijní a plánovací, B – pátrací, C – zahraniční a D – zabezpečovací a podpůrnou. Z hlediska vlastního výkonu zpravodajské práce měly přitom rozhodující význam první dvě z nich. Skupina A byla pověřena analýzou a zpracováním získaných zpráv. Skupina B byla pověřena budováním tajné výzvědné agentury a řízením obranné zpravodajské práce. Tato skupina se tak dále členila na ofenzivní sekci P-1, která se soustřeďovala na získávání informací ze zahraničí, a obrannou sekci P-2, která působila jako kontrarozvědka.
Ve dvacátých letech se obranná sekce soustředila především na odhalování rozkladné činnosti komunistů a německých nacionalistů, zatímco ofenzivní sekce věnovala svou pozornost především Maďarsku, které soustavně usilovalo o změny hranic stanovených po konci první světové války.
Vojenské zpravodajství ve 20. a 30. letech plně prokázalo, že mu právem náleží klíčové místo nejen v armádním, ale v celém mocenském aparátu Československé republiky. Jeho informační přinos respektovali nejvyšší političtí činitelé i zahraniční spojenci a výsledky jeho činnosti podrobně sledoval i Tomáš Garrigue Masaryk a později i Edvard Beneš. Oba prezidenti přitom armádní zpravodajské informace vysoce oceňovali.
Vojenským zpravodajcům pomáhaly v jejich činnosti i moderní technické prostředky. Na zpravodajském oddělení Hlavního štábu tak vzniklo v polovině 30. let technické pracoviště s laboratoří pro konstrukci speciálních spojovacích prostředků, fotografické práce a vývoj tajných inkoustů. Českoslovenští zpravodajci do roku 1939 rovněž dosáhli pozoruhodných výsledků ve vývoji agenturních stanic a dokázali monitorovat radiové spojení cizích armád a telefonní linky zastupitelských úřadů zájmových států.
Mezinárodní i vnitropolitický vývoj kladl v průběhu 30. let mimořádné nároky jak na zpravodajskou defenzivu, tak i ofenzivu. Ofenzivní sekce se přitom čím dál více zaměřovala na Německo, proti němuž byla do roku 1938 vybudována agenturní síť čítající na 800 registrovaných členů. Obranná sekce oproti tomu bojovala proti silnému náporu nacistické špionáže a v letech 1938 – 1939 zápolila i se sabotážními strukturami organizovanými Německem, Maďarskem a Polskem.
V období nejvyššího růstu napěti, tedy ve druhé polovině třicátých let, se vojenské zpravodajství podílelo na rozkrytí desítek až stovek případů tzv. vojenské zrady, jejichž pachateli byli především příslušníci československé branné moci německé národnosti. V několika případech dokonce došlo k zatčení důstojníků či rotmistrů, kteří se aktivně podíleli na činnosti zpravodajských služeb cizích států.
Po Mnichovu sice muselo vojenské zpravodajství na pokyn Česko-Slovenské vlády minimalizovat práci proti Německu, nicméně s nejvýznamnějšími agenty zpravodajci stále kontakt udržovali. Jedním z nich byl Paul Thümmel, proslulý agent A-54, který 11. března 1939 přišel s informací, že za čtyři dny dojde k okupaci zbytku českých zemí německými vojsky. O této skutečnosti byli okamžitě informování nejvyšší státní představitelé, kteří však uvedené informaci odmítli uvěřit. Přednosta zpravodajského oddělení plk. gšt. František Moravec následně ve spolupráci s britskou zpravodajskou službou zahájil tajnou operaci, jejímž cílem bylo letecky dopravit 11 zpravodajských důstojníků i s nejdůležitějšími dokumenty do Londýna. Mimořádná akce nakonec úspěšně proběhla v podvečer 14. března – doslova několik hodin před příjezdem okupačních vojsk.
Takzvaná Moravcova jedenáctka v Londýně okamžitě začala pracovat na obnovení svobodného Československa. Pro prezidenta Beneše a jeho exilovou vládu Moravcova skupina zajišťovala v dalších letech přísun informací z okupované vlasti a v rámci svých možností se rovněž snažila pomáhat domácímu československému odboji, v jehož řadách působila celá řada bývalých vojenských zpravodajců. Nejvýznamnější takovouto domácí odbojovou organizací byla Obrana národa, která velice rychle vybudovala systém sběru a třídění zpráv a snažila se udržovat radiový kontakt se zahraničním odbojem. Symbolem zpravodajské činnosti domácího odboje se pak stala legendární skupina Tři králové, kterou tvořili důstojníci pplk. Josef Balabán, pplk. Josef Mašín a škpt. Václav Morávek.
Od podzimu 1941 začali vojenští zpravodajci v Londýně posílat do vlasti výsadkové skupiny složené z dobrovolníků z řad československé zahraniční armády, kteří před vysláním procházeli systémem speciálního výcviku. Celkem bylo v obsazené vlasti vysazeno 31 paraskupin tvořených celkem 88 parašutisty, z nichž 47 během svého nasazení zahynulo. Nejznámější akci vojenských zpravodajců se stala přísně utajená operace Anthropoid, kdy byli na území protektorátu v noci z 28. na 29. prosince 1941 vysazeni Jozef Gabčík a Jan Kubiš, kteří v květnu následujícího roku provedli úspěšný útok na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha. Tuto operaci lze považovat za nejvýznamnější čin československého odboje během druhé světové války.
Vývoj vojenského zpravodajství po druhé světové válce bezprostředně souvisel s politickým vývojem Československa, především pak se stále sílícím vlivem Sovětského svazu a s následným nástupem totality v roce 1948. S ohledem na nové potřeby bezpečnostního aparátu tak došlo k administrativnímu oddělení vojenské rozvědky, která stále spadala pod Generální štáb, a kontrarozvědky, jež byla nově začleněna do struktury Ministerstva vnitra. V tomto režimu pak uvedené složky pod různými názvy fungovaly až do roku 1990.
Vojenské zpravodajství také prošlo v 50. letech rozsáhlými personálními čistkami, kdy nejzkušenější zpravodajci včetně Františka Moravce museli z ideologických důvodů své funkce opustit a často odcházeli do zahraničí. Za symbol těchto čistek je považován tehdejší velitel vojenské kontrašpionáže kpt. Bedřich Reicin. Nicméně teror, který pomáhal rozpoutat, se nakonec obrátil i proti němu. Sám tak byl zatčen a ve vykonstruovaném procesu odsouzen k smrti. Po jeho popravě pak politické procesy s čistky v rámci vojenského zpravodajství začaly ustávat.
Mezi armádní rozvědkou a kontrarozvědkou dlouhodobě panovalo určité napětí, což se projevilo zejména v roce 1968 a období tzv. pražského jara, kdy vojenská kontrarozvědka přistupovala k novému reformnímu kurzu se značnou nedůvěrou, zatímco v řadách vojenské rozvědky i jejich speciálních útvarů měli muži typu Dubčeka nebo Smrkovského výraznou oporu. Po okupaci Československa vojsky Varšavské smlouvy se vedení vojenské rozvědky v čele s generálmajorem Burdou postavilo na vlastenecké pozice, což následně vyústilo v Burdovo odvolání. Příslušníci rozvědky se nicméně nevzdali a i nadále vyvíjeli činnost namířenou proti okupantům, kdy například pomáhali zabezpečovat vysílání československého rozhlasu, usnadňovali pohyb novinářů v tanky obsazené Praze či monitorovali pohyb sovětských vojsk.
Do těchto akcí se zapojily i vojenské rozvědce podřízené útvary zvláštního určení, mezi něž patřil například 7. výsadkový pluk v Holešově. Zdejší výsadkáři nejenže odmítli spolupracovat se sovětskými okupanty, ale byli dokonce připraveni osvobodit z Moskvy politické činitele v čele s Dubčekem. Na svou činnost však pluk doplatil hned v následujícím roce, kdy byl pod záminkou reorganizace zrušen. Jeho základy nicméně tuto reorganizaci a celé normalizační období přežily, aby nakonec položily základy dnešní 601. skupiny speciálních sil, která až do roku 2014 spadala pod Vojenské zpravodajství.
Začátek normalizace pak provázely nové kádrové čistky napříč vojenskými zpravodajskými složkami a dále se prohloubila spolupráce vojenské rozvědky se sovětskými zpravodajskými službami. Vojenské zpravodajství nicméně i v této těžké době tvořili především odborníci, kteří dosahovali významných výsledků a snažili se ze všech sil vyrovnávat technologický náskok svých západních rivalů.
Pád komunistického režimu v Československu na konci roku 1989 vnesl do činnosti obou vojenských zpravodajských služeb zcela nové prvky. Po sametové revoluci nastala v armádních zpravodajských složkách nová etapa vývoje. Měnila se struktura, organizace i zpravodajské priority. Již v lednu 1990 byla vojenská kontrarozvědka převedena z rezortu vnitra do podřízenosti federálního ministerstva obrany a téhož roku byla přejmenována na Vojenské obranné zpravodajství. Rozvědná Zpravodajská správa Generálního štábu se transformovala ve Vojenskou zpravodajskou službu.
V souvislosti se změnou zpravodajských priorit a oblastí zájmu vznikly pro vojenské zpravodajství nové úkoly. S nasazením českých vojenských jednotek v zahraničí vznikl také prostor pro působení vojenských zpravodajců v místech působení českých kontingentů, kde jim zajišťovali zpravodajskou podporu. Důležitým momentem pro zpravodajské služby bylo přijetí České republiky do Severoatlantické aliance v roce 1999 a do Evropské unie v roce 2004. Členství v těchto organizacích otevřelo vojenskému zpravodajství nové možnosti spolupráce a přineslo nové úkoly, které Vojenské zpravodajství plní.
Vojenské zpravodajství od 90. let postupně rozvíjí schopnosti ve všech zpravodajských disciplínách, které k plnění svých úkolů využívá. V souvislosti s neustálým rozvojem technologií je zvláštní důraz kladen na rozvoj technických disciplín. Vojenské zpravodajství disponuje svým vlastním pracovištěm signálového zpravodajství, na základě rozhodnutí vlády buduje pro zabezpečení kybernetické obrany Národní centrum kybernetických operací a zároveň na základě závazku vůči NATO vytváří satelitní centrum České republiky SATCEN ČR.
Současné Vojenské zpravodajství vzniklo v roce 2005 jako následnická organizace Vojenského obranného zpravodajství a Vojenské zpravodajské služby, která integruje rozvědnou i kontrarozvědnou činnost. Do roku 2014 mělo Vojenské zpravodajství v podřízenosti 601. skupinu speciálních sil generála Moravce, kterou při slavnostním nástupu ředitel Vojenského zpravodajství Jan Beroun předal do podřízenosti Generálnímu štábu Armády České republiky.
Dnešní Vojenské zpravodajství navazuje na prvorepublikovou tradici, zabezpečuje informace důležité pro obranu státu a svými výstupy pomáhá při rozhodnutích nejvyšších ústavních činitelů.
